Ada 19 ruang kelas untuk kegiatan belajar mengajar. Ruang kelas dilengkapi dengan fasilitas AC, LCD, dan speaker untuk mendukung proses belajar mengajar.

Sebuah fasilitas sekolah yang menyediakan berbagai macam alat untuk mengajar, seperti: televisi, komputer, LCD, DVD player, dan lain-lain. Ruangan ini dibangun supaya proses belajar mengajar menjadi lebih menyenangkan. Dengan ruangan yang cukup besar, ditambah dengan adanya AC, membuat murid-murid menjadi nyaman.

Untuk mendukung dalam pembelajaran IPA, sekolah menyediakan laboratorium bagi murid-murid agar dapat melakukan berbagai macam percobaan. Di ruang laboratorium juga dilengkapi mikroskop motic, torso, penampang ikan, dan lain lain. Setiap hari Kamis, ruang ini digunakan untuk ekstrakurikuler KIR, sehingga mereka semakin mempunyai banyak kesempatan untuk melakukan percobaan.

A book is a window of the world, yang berarti bahwa buku adalah jendela dunia. Dengan membaca banyak buku, berarti pengetahuan para siswa bertambah. Di perpustakaan ini, sekolah menyediakan bermacam-macam buku, seperti fiksi, biografi, pengetahuan, kamus, dan masih banyak lagi. Para murid juga berkesempatan untuk menjadi pustakawan kecil. Mereka bertugas melayani teman-temannya pada waktu peminjaman dan pengembalian buku.

Ruangan ini merupakan ruangan yang terbesar di SD Kristen Petra 9. Ruang ini mempunyai banyak fungsi, dan dapat menampung hingga tiga ratus orang. Biasanya ruangan ini digunakan untuk persekutuan doa, pertemuan orang tua murid, ceramah, perayaan-perayaan khusus, dan ekstrakurikuler.

Menjadi suatu tuntutan bagi kita, baik guru maupun murid, untuk bisa mengoperasikan komputer. Dengan kemajuan teknologi yang begitu cepat, kita dituntut untuk mampu beradaptasi dan mengikuti perkembangan zaman. 

Sekolah menyediakan ruang UKS (Usaha Kesehatan Sekolah) dan UKGS (Usaha Kesehatan Gigi Sekolah) untuk menjaga kesehatan warga sekolah. Dokter dan perawat secara rutin menimbang berat badan dan mengukur tinggi para siswa untuk memantau perkembangan kesehatan. Kesehatan gigi juga tidak kalah penting. UKGS menyediakan dokter dan peralatan kesehatan gigi yang memadai untuk menjaga kesehatan gigi para siswa.

SD Kristen Petra 9 mempunyai 3 (tiga) lapangan: 2 (dua) di halaman belakang, dan 1 (satu) di halaman depan sekolah. Lapangan di halaman depan biasa digunakan untuk upacara bendera, sedangkan 2 (dua) lapangan yang ada di halaman belakang digunakan untuk olah raga, bermain, dan Drop Zone (pada jam-jam tertentu digunakan untuk parkir mobil, menurunkan dan menjemput siswa pada saat kedatangan dan kepulangan). Jadi anak-anak masih dapat menggunakan lapangan untuk bermain bola basket, bola voli, senam, bulu tangkis, dan lain lain pada saat jam olahraga. Dengan adanya lapangan yang luas, akan membuat para siswa dapat melakukan banyak hal secara bebas, baik pada waktu mereka olahraga, maupun pada saat mereka istirahat.

SD Kristen Petra 9 menyediakan kamar mandi untuk siswa dan guru yang ada di setiap lantai. Kamar mandi yang ada selalu kita jaga kebersihannya, membuat para siswa dan orang tua merasa nyaman menggunakannya.

Fasilitas sekolah ini dapat digunakan pada saat istirahat untuk makan dan bercerita bersama. Di kantin sekolah ini disediakan berbagai makanan  sehat yang selalu dipantau kualitas makanan dan kebersihannya.