Seiring dengan berjalannya waktu, TK-SD Kristen Petra 9 dari tahun ke tahun mengalami perkembangan yang sangat pesat. Sehingga pada tahun ajaran 1986/1987, SD Kristen Petra 9 berdiri sendiri. TK Kristen Petra 9 dipimpin oleh Ibu F.M. Regina, S.Psi., sedangkan SD Kristen Petra 9 dipimpin oleh Dra. Susan Felawati Tjandra dengan jumlah empat belas kelas. Sejak tahun ajaran 1998/1999, berkembang menjadi 24 kelas, kelas I sampai dengan VI, tiap-tiap kelas empat pararel dengan jumlah guru 42 orang.