Kepemimpinan Dra. Susan Felawati Tjandra berlanjut hingga tahun 2002 dan tahun 2005/2006. Seiring dengan perkembangan pendidikan di PPPK Petra, beliau diangkat menjadi koordinator Kepala SD PPPK Petra. Oleh karena itu, kepemimpinan dilanjutkan oleh Ibu Novy Natalia Hardjito, S.Pd., yang menjabat dari tahun 2002 sampai dengan tahun 2005. Tahun 2006, SD Kristen Petra 9 dipimpin oleh Ibu Ratna Indrawati Gontoro, S.Pd., M.M. sampai dengan tahun 2013, selanjutnya tahun 2013 SD Kristen Petra 9 dipimpin oleh Ibu Desyanawanti Limantoro, S.Pd., M.Psi. sampai dengan tahun 2017. Tahun ajaran 2017/2018 SD Kristen Petra 9 dipimpin oleh Ibu Jeane Indriati Tanoko, S.Pd., M.M. sampai sekarang.